马库斯最近在和助理地检官香特尔约会。不过香特尔因工作原因爽约，马库斯却在约会地点意外碰到了香特尔的前夫罗伊。马库斯当时并不知道罗伊的身份，罗伊借故找茬，以致于发生了肢体冲突。次日，罗伊就到香特尔的办公室大闹了一场。香特尔为此被地检部门认为“无法专心工作”，需要暂时休假。马库斯因为这件事而感到内疚，乔恩作为朋友帮他进行了调查，发现其中大有文章。罗伊当天是有意来找马库斯的麻烦，目的就是借机到香特尔办公室闹事，让她退出正在处理的刑事案件。与香特尔打对手戏的辩方律师策划了这件事，罗伊是出于报复才参与进来。当然，并没有证据能够证实，可马库斯想到了另外的办法。罗伊两年前就以右臂肌肉撕裂为由申请提前退休，领到了高额补偿金和退休金。在与马库斯发生争执时，他的手臂却很有力，完全没有因肌腱损伤而受到影响。罗伊肯定存在欺诈行为，马库斯警告他远离香特尔，否则调查部门就会收到匿名举报，重新对罗伊的伤情进行鉴定。

在乔恩忙于为马库斯解决麻烦时，还要专注于新的案件。一处森林边的小镇上，最近几周每天晚上都有人发现一个打扮恐怖的小丑在镇上游荡。一天晚上，两名巡逻员又看到小丑出现，便紧追不舍。在密林中追了大半个小时，小丑突然不见了踪影。巡逻员仔细搜寻了周边，惊讶的发现小丑已被埋进土里，只露出一张雪白的脸。

偏僻小镇发生凶杀案，自然会引起媒体注意，一向对离奇案件感兴趣的夏洛克马上赶到了现场。从尸体状态来看，很容易判断死者绝不会是当晚逃走的小丑。虽然死者穿着同样的小丑服，但死亡时间已有三十多小时。死因是头部遭受钝器打击，从伤口形状分析，应当是撬棍。

逃跑小丑的身份很快被查明。被带到警局后，他承认与死者都是受雇于一家广告公司。两人轮流装扮恐怖小丑，其实是为几个月后上映的恐怖片造势。夏洛克从网上查到，死者曾写过抨击该广告公司的文章，指责他们压榨员工。而死者又受雇于该公司，是否因为卧底而被灭口？这个想法被广告公司老板否认，死者确实写过批评文章，所以广告公司才聘请他。希望他能通过真实的感受，再写篇纠正文章。广告公司老板与死者曾多次对新文章进行过交流，共享云盘上的草稿可以为证。

云盘上的草稿证实了广告公司老板的说法，夏洛克倒是从云盘图片里找到了线索。看来死者的手机被设置为自动上传照片，虽然现场没有找到手机，但云盘里最后两张照片显示出了被杀原因。黑暗的森林里有人在切割什么东西，火花四溅。之后是一个身材魁梧的人，拎着撬棍追来。照片上看不出凶手的相貌，夏洛克决定和马库斯一起到现场周边查看。

在发现尸体的几百米外，夏洛克找到了一处窨井，上面有明显的撬痕。这是纽约市的饮用水通道，从水源地通过此处流向配送站。打开窨井盖，夏洛克发现井旁有一些液体残留。液体散发出的味道夏洛克再熟悉不过，是培植细菌的培养液。

因影响到上千万纽约市民，这不仅是环保问题，还上升到了国家安全的高度。环保部负责水质的温德尔来到纽约警局，随行的还有国土安全官员。环保部已经关闭了纽约市饮水配送站，被污染的饮用水不会进入市民的用水管道。但还有个问题，环保部发现这种病毒生命力顽强，在经过氯消毒和紫外线净化后仍能存活。目前动用了储备用水，保证市民不受影响，不过国土安全官员要求此事必须保密，以免引起不必要的恐慌。

有能力制作超级病毒，又有动机的人，夏洛克不由得想到格蕾西·范白兰德。范白兰德家族是纽约最古老的家族之一，而格蕾西患有妄想症，时常在网上散布人类灭绝的观点，还研究过多种制造大规模杀伤的方法，其中就有定制超级病毒。在嫌疑人的公寓里，警方并未找到直接证据。但夏洛克从房间堆积如山的科学刊物里发现一份报导病毒讲座的文章，文章配图里的发言人，与死者照片里凶手的身形一模一样。

夏洛克确定的嫌疑人叫雷蒙德·索普，在一家实验室工作。实验室负责人确认他已休假，在他的电脑里还发现了病毒模型，看来雷蒙德并没打算销毁证据。让夏洛克有些意外的是，经过实验室负责人的检测，该病毒的功能只是引起胃肠道轻微不适，并不致命。雷蒙德费尽心思制作病毒，还不惜为此杀人，目的仅是要让纽约市民拉肚子？这让人匪夷所思。

虽然国土安全部再三强调保密，可媒体还是得到了消息。乔恩一猜就知道是夏洛克所为，她支持这种作法。连她自己都不放心用水，安装了环保部推荐的过滤装置。其他市民也有权知道这此事，采取措施保障自己的健康。可乔恩安装过滤装置让夏洛克很不满，因为纽约市有“免过滤法”，所有饮用水都是取自纯天然水源，只经过必要的氯消毒和紫外线杀菌，所有的矿物质都很好的保留下来。夏洛克正是喜爱这样的水质才住在纽约，经过过滤的水，完全没有了以前甘甜的感觉。

这倒是让夏洛克想到，很可能是某个建筑公司在捣鬼。如果因此事而废除“免过滤法”，那该公司就能获得纽约市价值几十亿美元的过滤工程。可再调查下来，这种想法又被推翻。过滤工程的建设耗时几年的时间，这段时间里该公司的高管、员工及他们的家属同样会受到病毒影响。而且公司目前主要推广的是更容易建设，更能盈利的紫外线净化项目，该项目已证实无法杀死超级病毒。

能通过此事快递盈利的，只有一个，那就是环保部推荐的过滤装置。夏洛克匆匆回到家，从地下室的过滤装置里拆下滤芯。滤芯上有专利号码，从专利局查询可知专利所有人正是环保部的温德尔。在警局，温德尔拒不承认。因为他知道制造病毒的雷蒙德已逃往黑山共和国，黑山与美国之间没有引渡条约。可当听到，美国方面照会了黑山政府，雷蒙德可能携带致命病毒，黑山政府已启动遣返程序时，温德尔终于决定认罪以减轻刑罚。