数码暴龙再次出现在现实世界，而且在日本各地都有！大辅听到小贤住的地方有数码暴龙出现，便决定单独去接小贤。三头龙兽出现在那里，大辅赶到后破坏黑暗塔并让机甲龙兽去与三头龙兽战斗。然而三头龙兽非常强大，机甲龙兽被打得毫无还手之力。这时，变年轻的加来出现在众孩子面前，并拿出青龙兽身上的一颗数码珠，放出神圣力量，大家都可以进化成完全体，并且机甲龙兽还进化成帝皇龙甲兽，终于将三头龙兽打败送回数码世界。接着，帝皇龙甲兽又到了日本各地，在半小时内将日本的所有数码暴龙都送回数码世界。全世界的数码大门都打开了，加来告诉大家只有D3暴龙机才能将大门打开，于是12个孩子将分别到6个地方，与全世界被选中的孩子一起将数码暴龙送回去。