为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是…… 在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战略自卫队的流弹击中为止……