思琪向周新汇报说老妇人和孙女被人追杀，老妇人被人发现在山中无人处，她的小孙女坠崖。周新推断所有这一切都是圆清寺的方丈背后指使，莫文渊按周新的要求派出衙役赶往圆清寺，他们在途中被蒙面歹徒袭击，思琪带人及时赶到制服歹徒，歹徒是那些和尚，其中一人还是圆清寺老方丈的徒弟。

周新带人来到寺院时让和尚们十分惊慌，老方丈假装镇定，他认出处州知州莫文渊，周新自称是谈生意而来，小榔头拿出腰牌给老方丈看，老方丈要借机离开时被周新叫住，周新带他们来到那棵梧桐树下，还怀疑树叶和失踪的少女有关，老方丈失口否认。周新命衙役将那棵树刨开，衙役发现那个无辜少女的尸首，老方丈将责任推在徒弟身上。

周新要将寺院从里到外搜查一遍，莫文渊提醒他寺庙的牌匾曾是皇上亲笔提字，周新要让寺院地覆天翻，闲杂人等被赶出大殿，大殿和藏经阁没发现可疑之处，老方丈质问周新。思琪来到老方丈房中仔细搜查，发现暗道后进去查看。周新看到一群可疑人员后让小榔头截，小榔头认出菊花，老方丈出手和衙役们打斗起来，小榔头趁机拉菊花离开。

老方丈不敌众人被擒，周新发现那些穿着和尚衣服的少女们，小榔头向她们问起情况，但她们都不能说话，周新让莫文渊马上去找解药，思琪将发现的地洞口告诉周新。周新带人来到地道中查看情况，他发现里面的藏獒和老方丈犯下恶行的地方，老方丈失口否认，还拿出皇上御赐的免死金牌。

周新揭露了江洋大盗黑胡子的真实面目，黑胡子只得认裁，他不明白周新为何看破那一切，周新解释落叶之谜。失踪的少女和家人相认，有些只剩下尸骨，老百姓对周新做法深表感谢，周新又踏上新的征途赶往下一个州县，莫文渊因碌碌无为被革职。段无极来到京城南京找纪纲状告周新阻拦财路，纪纲在皇上面前说起周新破案之事，皇上打算当着文武百官的面夸奖周新，纪纲的目的是一箭双雕，他清楚皇上最担心的是建文帝。