小智抱着衰弱的呱呱泡蛙来到布拉塔诺博士的研究所，在苏菲的治疗下，呱呱泡蛙逐渐恢复健康，布拉塔诺博士也将呱呱泡蛙过去不断逃离训练家的经过告诉小智。布拉塔诺博士带小智、希特隆与柚丽嘉参观研究所，谈到自己研究神奇宝贝的进化，并谈到超进化的可能性，他的烈咬陆鲨就是他的研究的对象。此时窃听到超进化讯息的火箭队，伪装成研究人士进入研究所，并趁机将控制神奇宝贝的装置丢向呱呱泡蛙，烈咬陆鲨挺身而出而遭受装置控制，痛苦难当的烈咬陆鲨开始发狂攻击，破坏研究所与炸飞火箭队后，便冲至密阿雷市的街上四处破坏，最后爬上了幻彩水晶塔。小智与呱呱泡蛙为拯救烈咬陆鲨也爬上幻彩水晶塔，但烈咬陆鲨依然不断攻击，就在即将从塔顶跌落的时候，呱呱泡蛙利用泡沫黏住烈咬陆鲨的双脚，皮卡丘也趁势用铁尾打破控制装置，烈咬陆鲨才终于恢复。皮卡丘却不小心从塔顶坠落，小智奋不顾身跳下抱住皮卡丘，此时火焰鸡现身救了小智与皮卡丘，事情才圆满落幕。为表达感谢，布拉塔诺博士将卡洛斯地方的神奇宝贝图鉴送给小智，小智也收服到想一起旅行的呱呱泡蛙，准备踏上旅程。