川岛正雄为了扰乱根据地，密谋实施细菌战，他布置好了一切，将日本特种医院作为研制鼠疫细菌的根据地，并找来日本科学家原田太郎进行鼠疫细菌的生产，并利用特务组织进行细菌投放，同时他还命令岩松四郎保护好特种医院的安全，严防共产党地下组织的破坏。

根据地发现许多战士和村民生病，症状相似。八路军总部医院的外国专家爱德华大夫认为发生了瘟疫，他向左东升报告，左东升让他们积极展开治疗，并且为了村民着想，决定对感染鼠疫的村庄进行封闭。军民协力展开了对抗鼠疫的大战。

但根据地药品缺乏，爱德华医生希望尽快筹备药品，左东升同时命令各地敌工站和地下组织积极购买药品，并查找病源，但无奈药品紧缺，再加上抗战形势恶劣，很多病人得不到充足的药品，岌岌可危。

于浩明得知了根据地的疫情，告诉老顾这可能并非是一场天灾，而是日本进行的细菌战，并且这和川岛正雄以及C计划都密切相关，自己会积极找出培植细菌的地方。

而在根据地，村民因为鼠疫产生恐慌，对共产党的封村产生质疑，特务郭奎因趁机煽风点火，村民去找共产党理论，郭奎因利用村民与军队的冲突之机，在赵尚武举枪之时，暗中开枪打死百姓，从而挑起双方冲突加剧，矛盾激化。赵尚武向首长说明并非自己开的枪，首长对他们表示信任，但让他们找出真正开枪的人，洗脱嫌疑。

于浩明找到王志东让他调查研制鼠疫细菌的事，王志东向于浩明报告有一所日军特种医院十分可疑，于浩明决定前往侦查，怀疑它就是敌人的细菌工厂，他看到在门口与土桥争吵的日本人原田太郎，觉得很可疑。原田太郎是位细菌专家，他的两个哥哥战死沙场，而他很傲慢也很有个性，因为土桥不允许他擅自出去而感到愤怒。

特种医院的守卫重重，很难进去，于浩明决定从那里面的人身上上找到突破口，原田太郎的爱人芳子遭到日本军官玷污，原田太郎赶到和他发生激烈冲突，王志东帮他杀死军官，于浩明对他进行劝导，说他没有回头路，并答应保证原田太郎和芳子的安全，原田太郎答应和于浩明合作，帮助他们摧毁细菌仓库。