在被折原杀害的敷村教授的电脑里，里有提示抗病毒剂所在的线索。藤丸与加纳、南海一起，循着线索的提示好不容易来到了深山中的某个小屋。那个小屋是藤丸从前经常与家人一起拜访、充满了回忆的地方，最近被敷村教授当作了研究所……但是不知为何，藤丸一行人进入小屋的事被恐怖分子们得知了，藤丸等人又一次陷入了危机中。

另一方面，在THIRD-i本部，由于叛徒与病毒感染着的出现而被问责的雾岛交出了指挥权，信任指挥军镰田（斋藤步）的强硬作风让THIRD-i的成员们感到为难……

然后，在死囚房里做出诡异行为的谜样男子神岛紫门与恐怖集团令人意外的关系终于明朗了。