Chuck大学时期的教授，发明数据库的科学家被不明身份的杀手追踪，Chuck等人奉命调查此事件。而这次任务，也打开了小宅男那封闭了数年的心扉。也第一次开始了关于Chuck起源的描述。随着调查的深入，关于Bryce陷害Chuck的往事也出现了新的转机。

因为“兼职工作”的耽误，Chuck错过了Buy More的副经理竞争，Harry开始了他黑暗的统治，而以Morgen为首的自由力量，会让Harry统治下去么？